การบริหารจัดการทุนวิจัยและนวัตกรรม หน่วย บพท. มุ่งเน้น 2 ส่วนสำคัญ คือ 1) ประสิทธิภาพและประสิทธิผลของการบริหารจัดการ และ 2) การจัดการอย่างมีคุณภาพและมีธรรมาภิบาล โดยมีแนวทางการสนับสนุนทุนวิจัย จำแนกเป็น 3 ระยะ ได้แก่ ระยะต้นน้ำ (Upstream Management) หน่วย บพท. มีการกำหนดโจทย์วิจัยด้วยการจัดประชุมสัมมนา (Consortium) ทั้งในระดับแผนงานและกรอบการวิจัย แล้วจึงเปิดรับข้อเสนอโครงการด้วยการประกาศรับข้อเสนอโครงการและการพิจารณาเลือกนักวิจัยที่มีคุณภาพมารับทุนวิจัยกระบวนการรับโจทย์ของหน่วย บพท. จึงเป็นการรวมความคาดหวังของผู้มีส่วนได้ส่วนเสียและความต้องการในการใช้ประโยชน์จากงานวิจัยและนวัตกรรมอย่างรอบด้าน ระยะกลางน้ำ (Midstream Management) และปลายน้ำ (Downstream Management) หน่วย บพท. มีกระบวนการติดตามความก้าวหน้าของโครงการในระยะกลางน้ำตามงวดงาน งวดเงิน และกระบวนการผลักดันการนำผลงานวิจัยไปใช้ประโยชน์ร่วมกับกลุ่มผู้มีส่วนได้ส่วนเสียในระยะปลายน้ำ ทั้งทางด้านเศรษฐกิจ มีการสร้างงาน สร้างอาชีพ สร้างรายได้ให้แก่กลุ่มเป้าหมายด้านนโยบาย เกิดการจัดทำข้อเสนอเชิงนโยบายผลักดันสู่แผนท้องที่/ท้องถิ่น ด้านสังคม เกิดนวัตกรรมนำไปสู่การแก้ปัญหาของคน ชุมชน ท้องถิ่น สังคม ด้านสิ่งแวดล้อม นำนวัตกรรมไปสร้างให้เกิดการเปลี่ยนแปลงของสภาวะแวดล้อมที่ดีขึ้น เพิ่มคุณภาพชีวิตของประชาชนให้ดีขึ้น รวมทั้งด้านวิชาการมีการเผยแพร่ผลงานทางวิชาการ
โดยทั้งหมดนี้ต้องอาศัยกระบวนการมีส่วนร่วมของผู้มีส่วนได้ส่วนเสียสำคัญ เริ่มตั้งแต่การตั้งโจทย์วิจัย การร่วมคิดร่วมทำและร่วมติดตาม ผนวกกับความคิดเห็นและมุมมองจากผู้ทรงคุณวุฒิ/ผู้เชี่ยวชาญ ในการปรับปรุงข้อเสนอโครงการ กระบวนการทำงานวิจัย เพื่อให้ได้ผลงานที่มีประสิทธิภาพและประสิทธิผลเพื่อพี่น้องประชาชนในพื้นที่
กระบวนการบริหารจัดการงานวิจัยของ หน่วย บพท.